Pierwsza wzmianka w źródłach pisanych o Papowie jest datowana 5 VIII 1222 r. Dokument traktuje o nadaniach ks. Konrada Mazowieckiego oraz biskupa Giedka dla biskupa Chrystiana w Ziemi Chełmińskiej. Ponieważ w owym czasie na tym terenie znajdowały się dwie osady o nazwie Papowo trudno dziś dociec, której z nich ten dokument dotyczył. Jest bardzo prawdopodobne, że zapis ów dotyczy obecnego Papowa Biskupiego. Ziemia Chełmińska rozciągająca się między rzekami: Wisłą.

Drwęcą i Osą już za Piastów, w okresie wczesnego średniowiecza stanowiła samodzielną kasztelanię w składzie Księstwa Mazowieckiego.

Dla ułatwienia działalności misyjnej w Prusach, książe Konrad M. nadał część Ziemi Chełmińskiej biskupowi Chrystianowi, a pozostą część w roku 1228 Zakonowi Krzyżackiemu. Już na początku swojego panowania Krzyżacy wybrali na ośrodek administracyjny osadę Papowo. 

Na poczatku lat 80-tych XIII w. utworzyli Komturię Papowską i rozpoczęli budowę zamku, którą ukończono na przełomie XIII i XIVw. Papowo było siedzibą Komtura do czasu bitwy pod Grunwaldem.

Po bitwie grunwaldzkiej utworzyli Krzyżacy w Papowie prokuratorię. Pierwszym znanym prokuratorem papowskim z 1425 r. był Johann Spiegel. Koniec działania prokuratorii papowskiej jest ściśle związany z wybuchem wojny trzynastoletniej w 1454 r. Ma to ścisły związek z działalnością Związku Pruskiego. Po II pokoju toruńskim w 1466 r. Ziemia Chełmińska wraca w granice Królestwa Polskiego.

Przez kilkadziesiąt lat Papowo wraz z okolicznymi osadami wchodzi w sklad dóbr królwskich, zaś do 1505 r. jest siedzibą starosty. W skład Starostwa wchodzi najprawdopodobniej dawny obszar Komturii. Starostami papowskimi min. byli: Gabriel Bażyński (1458-1474), Jan Bażyński (ok. 1476 r.), Bartłomiej Trostha (ok. 1502 r.), Franciszek Esken (ok. 1503 r.) Warto dodać, że Starostwo Papowskie wchodziło w skład województwa Chełmińskiego i funkcjonowało do 1505 r.

Bardzo ważnym wydarzeniem było nadanie przez Króla Aleksandra Jagiellończyka w dniu 26 maja 1505 r. Papowa wraz z podległym mu okręgiem biskupowi chełmińskiemu Mikołajowi Charapickiemu. Od tego momentu ziemie te weszły w skład dóbr stołowych biskupów chełmińskich. W porównaniu do okresu średniowiecza, pozycja Papowa mocno podupadła, ale nadal podtrzymywany jest charakter gospodarczy.

Ziemie wchodzace w skład własności biskupiej, podzielone były na tzw. klucze. Początkowo Papowo wchodzi w skład klucza starogrodzkiego.

Z upływem czasu jednak grupę wsi związanych z Papowem wydzielono i utworzono klucz papowski. W skład klucza papowskiego weszły wsie: Chrapice, Dubielno, Dziemiony, Folgowo, Nowy Dwór, Papowo Biskupie, Staw, Trzebcz Królewski, Zegartowice.

Zamek który niegdyś był punktem centralnym ośrodka administracyjnego popada w coraz to większa ruinę. Po zniszczeniach z wojny 13 letniej nie był remontowany i wkonsekwencji nie zamieszkany, a w XVII stuleciu kamienie z murów zamkowych posłużyły do budowy diecezjalnego seminarium duchownego. Opis zamku, który znajduje się w inwentarzu z 1676 r. najlepiej oddaje jego obraz:

"Zamek murowany manierą krzyżacką, podle zrujnowany, bez dachów, posów drzwi i okien, bez pieców, tylko same ściany stoją i to miejscami poobalane; rezydencji żadnej w nim nie masz."

Wskutek I rozbioru Polski Ziemia Chełmińska w całości weszła do państwa pruskiego. Dawne Prusy Królewskie nazwno Prusami Zachodnimi. Zlikwidowano wówczas podział na województwa, pozostawiając jenak powiaty. Ziemia Chełmińska znalazła się w składzie prowincji ze stolicą w Kwidzynie. Rząd pruski skonfiskował dobra kościelne i tak przestał istnieć klucz papowski w dobrach biskupa.

Obszar dzisiejszej gminy papowo znalazł się w powiatach: chełmińskim i toruńskim. Przez cały XIX w. a szczególnie w okresie powstań narodowych ludność czynem manifestowała swój patriotyzm i przywiązanie do polskości. Hakata, Bismark i kolonizacja zrobiły swoje bo wwiększość majątków ziemskich przejęli niemcy. Skutecznie jednak opierano się procesowi germanizacji, głównie za przyczyną duchowieństwa. Znana jest postać ks. proboszcza Józefa Poeplaua, który troszczył się o czystość języka polskiego.

Po odzyskaniu niepodległości w 1918 r. Papowo weszło w skład województwa Pomorskiego ze stolicą w Toruniu, ale podział administracyjny w stosunku do okrsu zaborównie uległ zmianie i nadal cześć wsi wchodzących w skład dzisiejszej gminy przypadła powiatowi chełmińskiemu, a część toruńskiemu. Okres miedzywojenny to gwałtowny rozwój cywilizacyjny.

Rok 1939 przyniósł kolejną zawieruchę i znów część ludności zmuszona jest do opuszczenia swoich domstw. Eksodus ludności spowodowany był represjami SS i GESTAPO. Niemcy w pierwszych dniach września zajęli cały obszar gminy. Ponownie zaczęła się germanizacja i prześladowania. Ludność polska byłla zmuszana do podpisywania list narodowościowych. Odmowa skutkowała pozbawienniem majątku przez okupanta i wywózką do pracy niewolniczej w głąb Niemiec. Wojna także tu pochłoneła znaczne ofiary z ludności cywilnej ok. 200 osób.

Rok 1945 przyniósł upragnione wyzwolenie. Ofensywa styczniowa Armi Czerwonej (70 A) i (1 A) WP wyparła wojska okupanta z Ziemi Chełmińskiej. O Papowo toczyły się zacięte walki w dniach 26-28 stycznia 1945 r., ale jednoczesne uderzenia z 2 kierunków Dubielna i Chełmna zagroziły odcięciem od sił głównych co zmusiło niemców do wycofania się.

Po wojnie przywrócono województwo Pomorskie. Jego siedziba najpierw mieściła się w Toruniu, a nastepnie została przeniesiona do Bydgoszczy. Wprowadzono nowy podział administracyjny. Papowo zostało ośrodkiem gminnym do 1954 r., kidy to zlikwidowano gminy i pozostawiono gromady. Rok 1959 przynosi połączenie gromady w Firluzie i Papowie. Organem władzy stało się wówczas Prezyduim Gromadzkiej Rady Narodowej. W roku 1973 przywrócono Gminy, a dwa lata później zlikwidowano powiaty i wprowadzono dwustopniowy podział administracyjny. Gmina Papowo Biskupie była jedną z 49 gmin nowo-powstałego województwa toruńskiego. W granicach gminy znalazły się wsie: Dubielno, Falęcin, Firlus, Folgowo, Jeleniec, Kucborek, Niemczyk, Nowy Dwór Królewski, Papowo Biskupie, Staw, Storlus, Wrocławki, Żygląd i Zegartowice.

Zasadnicze zmiany przyniósł początek lat 90-tych. Oddanie władzy w ręce samorządu gminy stało się ogromnym impulsem rozwju. Reforma roku 1997 przywróciła powiaty i gmina znalazła sie w granicach województwa Kujawsko-Pomorskiego utworzonego z Połączenia trzech województw(bydgoskiego, toruńskiego i włocławskiego).